ปากานี ซอนดา อาร์ (อังกฤษ: Pagani Zonda R) เปิดตัวในงานเจนีวามอเตอร์โชว์ 2007 มาพร้อมกับเครื่องยนต์ขนาด 6.0 ลิตร V12 รุ่น M120 ของเมอร์เซเดส-เบนซ์ เครื่องเดียวที่ใช้กับรุ่น ซีแอลเค จีทีอาร์ อดีตรุ่นที่เร็วและแพงที่สุดของเมอร์เซเดส-เบนซ์ ซึ่งสามารถให้กำลังได้ถึง 740 แรงม้า (750 PS; 552 kW) ที่ 8,500 รอบ/นาที และแรงบิดสูงสุดที่ 710 นิวตัน·เมตร (524 lb·ft) ทำอัตราเร่ง 0-100 กม./ชม. ได้ที่ 2.8 วินาที และความเร็วสูงสุดที่ 355 กม./ชม. (220 ไมล์/ชม.)[9]

ซอนด้า อาร์ มีลักษณะคล้ายกับ เฟอร์รารี่ เอฟเอ็กซ์เอ็กซ์ และ มาร์เซราติ เอ็มซี12 ซึ่งออกเป็นแนวรถแข่งในสนาม ซอนด้า อาร์ จะผลิตออกมาเพียง 15 คันเท่านั้น